善良的女秘书故事发生在一个风景秀丽的南方小镇之中，连双春（关咏荷 饰）和汪若岚（米雪 饰）相依为命，两人经营着一间小酒馆，却因为连双春糟糕的厨艺和汪若岚的精神错乱而几乎门可罗雀。　　马永祯（郭晋安 饰）是四处招摇赚骗、骗吃骗喝的小混混。某日，他遇见了汪若岚，被后者当成了“大师兄”而反复纠缠，又与连双春产生了矛盾，于是，为了报复，马永祯决定前往连双春的小酒馆工作，借此敛财。哪知道，一场意外让小酒馆背负上了巨额债务，还惹了一身的官司，与此同时，马永祯亦于偶然之中发现，连双春和好友梁九妹（郭政鸿 饰）竟然就是自己的童年玩伴，三人曾经有过至深的情谊。于是，马永祯一改往日的无赖嘴脸，决定帮助连双春。