消失的她故事发生在孝宗年间，锦衣卫兰海平撞破了奸妃狸猫换太子的诡计，他带走了刚刚出生的小公主，并且顺手盗走了宫中珍藏的归元秘笈。兰海平带着妻女和小公主隐居在括苍山上，苦心钻研秘籍，他给小公主取名白云飞（麦丽虹 饰）。　　一次意外中，马君武（邓浩光 饰）结识了苏飞凤（翁虹 饰）与曹雄（林祖辉 饰），苏飞凤被马君武的英俊和正直所吸引，芳心暗许。一直觊觎苏飞凤美貌的曹雄将她的心思看在眼里，心中很是愤怒。失传已久的归元秘籍重现江湖的消息在武林中掀起了轩然大波，而这阴谋背后的主使者就是当年被兰海平打落山崖的林天独，他早已经练就了一身走火入魔的武功，只想要大开杀戒，称霸武林。