善良的女秘书本剧讲述了日本突然出现7个巨大洞穴，包括比大楼更大的洞，穿透云层的洞，出现在城市中心的洞。人们陷入混乱，疲于应对，进行了各种各样的调查，但是洞的真面目还是不知道。虽有很多人进了洞，但尚未有人回来。于是，出现了以穴为神的人——小泽，其相信“洞中有救赎”。随后，12月1日，八名以小泽为首的男女信徒团体聚集在度假村，按照小泽所说的规则，入洞前必须说出“为什么想要入洞”并进行记录，在相互倾诉之后，他们将抵达怎样的未来？