小马宝莉Emma是一个小人类女孩，生活在一个充满大生物的世界里，没有人真正知道她是什么。她正在寻找自己来自哪里，属于哪里。一路上遇到了乐于助人的朋友，比如笨拙的天才乌龟牛顿和试图证明Emma不仅仅是表面上的科学家爱德华·沃尔夫。当他们发现一整座由微小人类组成的岛屿和一个狡猾的阴谋时，他们将如何共同拯救这一天？